Imagej binêre opsies

Imagej binêre opsies

Ander algemeen gebruikte filters Filtereffek Konvoleer konvolusie met pasgemaakte filter Gaussiese vervaging Gaussiese filter, redelike randbehoud Mediaan mediaan van bure, nie-lineêr, imagej binêre opsies, goed vir sout-en-peper geraasvermindering Gemiddeld Gemiddeld van bure, gladmaak Minimum Kleinste waarde van imagej binêre opsies, gladmaak Maksimum Grootste waarde van bure, gladmaak Variansie Variansie van bure, aanwyser van beeldteksture, hoogtepuntrande Verwydering van periodieke geraas Gevorderd Periodieke geraas soos getoon deur die bandpatroon wat in hierdie beeld waargeneem word, kan nie verwyder word met die kerngebaseerde standaardfilters wat hierbo beskryf is nie. Fidji bied gerieflike programmeringsomhulsels vir hierdie Java-klasse sodat jy jou skrifte kan skryf in:. Data word ook op 'n reguit lyn gepas. Lineêre profiel: Gemiddelde waarde horisontale roosterlyn en Centroid gekleurde merk. getProcessor-indeks Omgekeerd kan ons 'n ImageProcessor vervang in 'n ImageStack waarna verwys word deur die stapelveranderlike soos so: stapel. tif grysbrein magenta. Skep nog 'n kern met hierdie waardes en pas dit toe op die gekopieerde beeld wat in stap 3 verkry is: -1 -2 -1 imagej binêre opsies 0 0 1 2 1 Watter rande word nou opgespoor?

Laai die Voorbeeld Scripts af

Om Fidji te gebruik, laai eenvoudig die toepassing af en pak dit uit, imagej binêre opsies, en dan kan jy dit begin. Fidji kan beeldlêers in verskeie lêerformate en pixel-enkoderings hanteer, bv. kleur beelde RGB, imagej binêre opsies, HSB, ens.

Kleurbeelde gebruik 8-bis-kodering vir elke kanaal e. RGB: intensiteitwaardes vir rooi, groen en blou. Pixels in grysskaal-beelde kan geënkodeer word as 8-bis heelgetal intensiteitsvlakke bit heelgetal intensiteitsvlakke of bietjie float desimale getalwaardes.

Binêre beelde is 'n spesiale tipe 8-bis grysskaal beelde wat slegs die pixelwaardes 0 swart of wit bevat. Hulle word gebruik vir maskering en segmentering van voorwerpareas van belang in 'n beeld, imagej binêre opsies. Die oorspronklike prent of rou data wat as invoer vir die beeldverwerkingspyplyn dien, kan agtergrondgeraas bevat wat dalk verwyder moet word deur toepassing imagej binêre opsies beeld filters.

Die skoongemaakte beeld kan dan verwerk word om sekere kenmerke te verbeter, imagej binêre opsies, e. lig voorwerprande uit. Die verbeterde beeld kan dan omgeskakel word in binêre beeldmaskers wat groepe pixels as voorwerpe definieer. Gebaseer op hierdie maskers, kan voorwerpe van belang geklassifiseer en ontleed word vir grootte, geometrie, pixel intensiteite, ens. Fidji het ingeboude gereedskap om multi-kanaal saamgestelde en RGB beelde te manipuleer. Vir hierdie voorbeeld, maak die 5-dimensionele x, y, z, kleur, tyd beeld stapel oop.

'n Beeldvenster moet oopmaak soos hier getoon. Beweeg die kanaalskuifbalk en let op hoe die skerm opdateer op grond van die geselekteerde kanaal. Ontmerk geselekteerde kanale en let op hoe die kanaaloorleg verander op grond van die geselekteerde beelde. Alhoewel die kleurinligting na grys omgeskakel is, bly die pixelintensiteitwaardes onveranderd. Individuele beeldkanale word in aparte vensters vertoon, imagej binêre opsies. Hierdie operasie werk net op multi-kanaal beeld stapels of RGB beelde. Prente wat in aparte vensters vertoon word, kan imagej binêre opsies saamgesmelt in multi-kanaal saamgestelde beelde.

Die invoerbeelde moet van dieselfde tipe wees óf 8-bis óf bit pixel enkodering. Jy kan tot 7 verskillende beelde saamvoeg in 'n enkele multi-kanaal beeld. Stel die groen kanaal op Geen en laat die imagej binêre opsies oorspronklike stellings. Klik OK. Die resulterende prent moet 'n samevoeging van die rooi en blou kanale bevat sonder die groen kanaalkomponent.

In die Channel Tools-venster, skakel oor na Kleurmodus en kies 'n kanaal van belang. Maak 'n beeldmontage. Prente kan op 'n roosteragtige manier uitgelê word, imagej binêre opsies, aka 'n montage. Gegewe die gereelde rangskikking van die beelde in 'n roosteruitleg, moet alle beeldteëls wat vir die montage gebruik word van dieselfde x-y-afmeting en dieselfde beeldtipe e wees. alles 8-bis, 8-bis, bis of RGB. Die maklikste manier om 'n montage te skep, is om 'n beeldstapel te skep wat al die beelde vir die individuele beeldteëls bevat en dan die Fidji Montage-instrument te gebruik.

Hier is 'n voorbeeld:. Kolomme: 3, Skaalfaktor: 1. Prente kan gesny word rondom streke van belang ROI's wat met die seleksienutsgoed in die Fidji-nutsbalk geteken kan word. Dit sny prent na die grootte van die reghoekige seleksiekassie. Baie wetenskaplike instrumente wat vir beeldverkryging gebruik word, stoor bykomende metadata in die beeldlêers wat kalibrasies bevat wat die grootte definieer imagej binêre opsies 'n pixel of 3D-voxel vir daardie beeld of beeldstapel in fisies imagej binêre opsies e.

mm, nm, ens. Hierdie waardes definieer die skaal van 'n beeld. Deur na die beeldvenster reg onder die beeldtitel te kyk, dui aan of die beeldskaal e. In die boonste blokkie van die dialoogvenster, voer die aantal pixels in wat ooreenstem met 'n bekende fisiese afstand. Voer die fisiese eenhede-etiket in, bv. Die etiket um word geïnterpreteer as mikrometer. Vir aanbiedingsdoeleindes word dit gereeld verlang om 'n skaalbalk in die prent te vertoon. Dit kan gedoen word deur die volgende stappe te volg:. Definieer posisionering van die skaalbalk en sy grootte.

Merk die Overlay-blokkie en klik OK. Die oorleg sal nie die pixelwaardes van die beeldstreek onder die skaalbalk beïnvloed nie. Dit is nie-vernietigend. Beeldgeraas is imagej binêre opsies ongewenste neweproduk van beeldvaslegging wat valse en vreemde inligting byvoeg.

Fidji bied verskeie standaardfilters wat op beelde toegepas kan word. Hier verken ons net 'n paar van hulle, imagej binêre opsies. tif uit die tutoriaalvoorbeeldlêers, imagej binêre opsies. Periodieke geraas soos getoon deur die bandpatroon wat in hierdie prent waargeneem word, kan nie verwyder word met die kerngebaseerde standaardfilters wat hierbo beskryf word nie. Die toepassing van Fast-Fourier Transform FFT-analise kan egter die periodisiteit van sulke geraas openbaar wat verteenwoordig word deur die hoë intensiteit kolle in die FFT-beeld boonste middelste paneel.

Deur hierdie brandpunte onderste middelste paneel te masker en die omgekeerde FFT toe te pas, kan mens die oorspronklike herwin imagej binêre opsies sonder die periodieke geraas regspaneel. Randopsporing word algemeen gebruik om die uiteensetting van voorwerpe van belang te definieer. Dit word geïmplementeer deur spesiale konvolusiepitte toe te pas.

Let daarop dat randbespeuringsalgoritmes baie sensitief vir geraas kan wees. Dit word dus oor die algemeen aangeraai om eers geraas met ander filters te verwyder, bv. mediaan filter wat rande redelik goed bewaar voordat die randopsporingsfilter toegepas word, sien prente hieronder. Beeldsegmentering is die proses wat individuele beeldpixels groepeer wat spesifieke voorwerpe verteenwoordig.

Dit vereis binêre swart en wit beeldmaskers en voorwerpvormbeskrywers morfometriese parameters. Om tipiese stappe in beeldsegmentering en -analise te illustreer, gaan ons die kolle-geskadu verwerk. tif-prent wat deel is van die [Tutoriaalvoorbeeldlêers] voorbeeldlêers. Om die donker kolle van die agtergrond te skei, sal ons intensiteitsdrempel gebruik.

Die idee is dat alle pixels met 'n intensiteit onder of gelyk aan die drempel in een bak gaan, alle ander pixels gaan in 'n ander bak, imagej binêre opsies.

Pixels in een bak word beskou as om aan voorwerpe van belang te behoort terwyl dié in die ander bin as agtergrond beskou word. Dit is die belangrikste metode om binêre beelde te skep. Klik op die beeldvenster en klik dan op die Auto-knoppie in die Drempel-venster, imagej binêre opsies. As jy die Drempel-venster verloor het, gaan na Windows en kies dit uit die lys. Ontmerk die Donker agtergrond-blokkie in die Drempel-dialoogvenster.

Kies Standaard en Rooi in die aftrekblokkies. Beweeg die glyers en let op die verandering van die rooi patroon wat die prent oorlê. Klik Herstel om die oorleg te verwyder. Probeer verskillende Sigma Radius waardes: e. Kies die geskakeerde kolle uit die Beeld1-aftreklys. tif beeld, imagej binêre opsies.

en voer Corr in as 'n nuwe naam vir die gekorrigeerde beeld. Merk die Swart agtergrond blokkie en klik OK. Dit beheer die vertoonmodus van drempelbeelde en ook die modus wat die deeltjieontleder gebruik om voorwerpe te identifiseer, sien hieronder. In ons voorbeeld sal voorwerpe van belang wit op swart agtergrond vertoon word.

Klik op imagej binêre opsies Korrigeer prentvenster en klik Auto in die Drempel-venster. Let op die eenvormige opsporing van donker kolle wat deur die rooi oorleg aangedui word.

Let op die bimodale verspreiding van die pixel intensiteit waardes in die drempel histogram. Vergelyk hierdie drumpel met die een wat verkry is vir die oorspronklike prent blos-geskadu. Skakel die Corr-prent om na 8-bis, sien eers stap 8. Die resultaat na stappe moet 'n binêre maskerbeeld wees wat wit bobs op 'n swart agtergrond wys. Die vorige stappe het 'n binêre masker opgelewer, maar nadere ondersoek toon dat sommige blob-voorwerpe saamgesmelt is.

Dit verskyn as grondboontjievormige voorwerpe. Ons sal 'n waterskeidingalgoritme toepas om hierdie saamgesmelte voorwerpe te skei. Dit werk net vir voorwerpe wat beduidende opponerende konvekse-tot-konkaaf kromming nekstreke toon. Die opsie Wys buitelyne lei tot die skepping van imagej binêre opsies nuwe prent wat die buitelyn en voorwerp ID rooi nommers bevat.

Die opsie Voeg by Bestuurder stuur die definisie vir elke geïdentifiseerde deeltjie, i. donker blob, kortliks aan die Streek-van-belang Bestuurder ROI Bestuurder.

Streke-van-belang ROI's definieer groepe pixels in 'n prent. ROI's kan verskillende vorms hê, bv, imagej binêre opsies. lyn, reghoekig, ellipsoïed, veelhoekig, teks of onreëlmatig.

binêre opsies sagteware swendelary

Radius van hoogste telling van kruisings Maks inters. radius Die afstand waarteen die hoogste telling van kruisings plaasgevind het, wat plekke met die hoogste takdigtheid weerspieël. Let daarop dat as dieselfde maksimum verskeie kere voorkom, slegs die eerste afstand in ag geneem word. Schoenen Ramifikasie-indeks Ramifikasie-indeks gemonster 'n Maatstaf van vertakking 3: die verhouding tussen Max inters.

en die aantal primêre takke. Dit word slegs bereken wanneer primêre takke geldig is en nie nul nie. Centroïedradius Die abcissa van die sentroïed i. Dit word uitgelig op die N vs Distance plot. Centroïdwaarde Die ordinaat van die sentroïed i. Omsluitende radius Die laaste dus, die wydste van snyradius wat geassosieer word met die aantal snypunte gespesifiseer deur Omsluitende radius afsnypunt. Vir 'n afsnypunt van 1 is die verstek-omsluitende radius die wydste van Snijdende radiusse. Dit weerspieël die Feret-lengte van die prieel.

Bepalingsverhouding Die verhouding van die bepalingskoëffisiënt vir die semi-log metode en dié vir die log-log metode 4. As die semi-log metode beter is relatief tot die log-log metode, word die bepalingsverhouding groter as 1.

Dit is die parameter wat deur die inprop gebruik word om stilweg die normaliseringsmetode te voorspel wat die mees insiggewende is. Die voorspelling kan gemonitor word deur die Wys pasbesonderhede-merkblokkie te aktiveer.

Sholl regressie koëffisiënt Regressie koëffisiënt Die helling vermenigvuldig met -1 van die lineêre regressie beskryf in 3 en 4, i. Om die passing te optimaliseer, haal die inprop 'n tweede lineêre regressie wat rondom die mediaanafstand gesentreer is, uitgesluit afstande aan die rande van die profiel. Besonderhede van hierdie tweede pas word ook op die Sholl-tabel onder toegewyde kolomme geregistreer, bv.

Regressie-afsnit Die y-koördinaat m beskryf in 3 en 4. Kritiese waarde Die plaaslike maksimum van die polinoompassing, i. e, N by Kritiese radius in 1.

Afkorting: N m. Kritiese radius Die afstand waarteen Kritiese waarde voorkom. Afkorting: r c. Nomenklatuur: Vorige skrywers het verskillende terme gebruik om die grootste waarde te beskryf wat deur die Sholl-profiel geneem word, insluitend Dendriet maksimum. Aangesien die Sholl-tegniek nie tot dendritiese priele beperk is nie en toegepas kan word op enige boomagtige struktuur soos aksonale priele, melkbuise of bloedvate, vgl.

Lys van aanhalings , Sholl Analise stel die term Kritiese radius bekend , en hernoem Dendriet maksimum N m na Kritiese waarde. Gemiddelde waarde Die gemiddelde waarde 5 van die toegeruste polinoomfunksie 1, wat die gemiddelde van kruisings oor die hele area wat deur die prieel beset word, verteenwoordig.

Afkorting N av. Dit is analoog aan Gemiddelde inters. Metrieke gebaseer op steekproefdata. Schoenen vertakkingsindeks Vertakkingsindekspassing Schoenen vertakkingsindeks verkry uit die gepaste profiel: Die verhouding tussen Kritieke waarde en Aantal primêre takke. Skeefheid Skeefheidpassing Die skeefheid van die gepaste polinoomverdeling tussen beginradius en eindradius. Kurtosis Kurtosis fit Die kurtosis van die gepasde polinoomverdeling tussen Beginradius en Eindradius.

Polinoom R 2 Polin. Gemonsterde data van die ddaC-sel wat by polinome van verskillende mate gepas word deur 'n komplementêre BAR-skrif te gebruik. Sholl-analise probeer so buigsaam as moontlik wees deur verskeie opsies vir normalisering en krommepassing te verskaf. Dit kan egter nie volledige kurwepasopsies bied nie, aangesien die bepaling van modelle wat die beste pas, redelike keuses vereis wat nie vir volle outomatisering vatbaar is nie. Om hierdie rede kan aanvullende gereedskap vir krommepassing geïnstalleer word soos nodig met behulp van BAR deur in te teken op sy opdateringswebwerf.

Verskeie BAR-opdragte komplementeer Sholl-analise. Dit sluit in:. Segmenteringsnutsmiddels: Drempel-, vormgebaseerde maskering en randopsporingsroetines sien volledige BAR-lys. Data-analise-nutsmiddels: Soek pieke: Haal plaaslike maksima op onder verskeie filteropsies soos piekamplitude, piekhoogte en piekwydte. Kan gebruik word om sekondêre terreine van takdigtheid te herwin. Pas polinoom : Pas 'n polinoom van enige graad by steekproefdata. Brei die ingeboude repertorium van polinoom uit wat tot 50ste orde funksies pas.

Interaktiewe plot: Heeldoel-roetine wat data vanaf ingevoerde sigblaaie plot. Hierdie afdeling bespreek 'n paar aspekte wat in ag geneem moet word wanneer neuronale priele gesegmenteer word om deur Sholl-analise verwerk te word.

Sedert beeldsegmentering i. Dit beteken dat enige prosedure wat probeer om die oorspronklike fluoressensiebeeld toepaslik met 'n binêre masker te beskryf, aangepas moet word vir die kenmerke van individuele datastelle. Soos genoem in Aanvullende Hulpmiddels, verskeie roetines hier gelys soos versprei deur die BAR-opdateringswebwerf.

Geraas kan versag word deur die gebruik van verwerkingsfilters, veral dié wat die rande bewaar. Ongelyke beligtingsprobleme, tipies geassosieer met wyeveldmikroskopie, kom wel voor in konfokale mikroskopie wanneer sein van diep lae van die weefsel nie so helder vasgevang word soos met oppervlakkige lae. Hierdie seinverswakking langs die Z-as sal 'n geskakeerde gradiënt oor die stapel genereer wat histogram-gebaseerde segmentering in ag sal moet neem.

Alhoewel hierdie probleme beter aangepak word tydens verkryging e. Dit is moontlik om meer gesofistikeerde segmenteringsalgoritmes aan te neem wanneer globale drempelmetodes nie bevredigende resultate lewer nie. Voorwerpopsporing en beeldsegmentering in beelde met swak sein-tot-geraas sal waarskynlik besluite vereis wat deur 'n menslike operateur geneem word. Vir bykomende beeldverwerkingsnutsgoed, kyk na die groeiende lys opdateringswebwerwe.

Vir meer inligting oor beeldverwerking, kyk na tutoriale, segmentering en die ImageJ Gebruikersgids. Dit is redelik eenvoudig om die ontleding van veelvuldige beelde te outomatiseer deur enige van die skriftale te gebruik wat ondersteun word deur ImageJ en Fidji ImageJ Macro Language, Beanshell, Javascript, JRuby, Jython, Clojure, …. Hierdie afdeling verskaf 'n paar voorbeelde.

Enige makro of skrip moet die Sholl Analysis-inprop toegang gee tot die ROI wat die middelpunt van analise merk. 'n Mens kan ImageJ opdrag gee om die koördinate van voorafbestaande ROI's uit 'n tekslêer te lees, 'n lys lynkeuses in die ROI Bestuurder te stoor, of 'n morfologie-gebaseerde roetine te skryf wat die middel van die prieel bespeur. Om die middelpunt van analise te merk, is egter waarskynlik iets wat u met die hand sal wil doen.

Hier is 'n werkvloei:. In hierdie voorbeeld sal ons die ImageJ-makrotaal gebruik. Die enkele reël kode wat in die blokfluitvenster verskyn, sal iets soos volg lyk:. U kan natuurlik ook enige voorafgaande stappe outomatiseer. Moet egter nie vergeet om te verseker dat die sentrum van analise beskikbaar sal wees wanneer die inprop geroep word nie:. Opsies wat nie nodig is nie, kan weggelaat word. Hier is 'n voorbeeld makro wat die inprop oor 'n gids van.

csv-lêers wat Sholl-profiele bevat wat deur Simple Neurite Tracer vervaardig is:. Gevorderde opsies kan deur API-oproepe ingestel word. Hier is 'n paar voorbeelde:. Verminder die aantal diskretiseringstappe betrokke by die berekening van Nav, en Cv, Cr IJ makro IJM taal:. Om hierdie rede moet jy die geslaagde argument aanhaal. Let daarop dat oproepe wat deur die IJM-taal gemaak word, gestel moet word voordat die inprop uitgevoer word en in werking bly terwyl ImageJ loop. Ontledingsinstrument wat 1 individuele Sholl-profiele in 'n enkele tabel saamvoeg en 2 die gemiddelde profiel met standaardafwyking van 'n groep selle verkry.

Gebruik dit om vertroud te raak met die inprop. Dit is ook toeganklik deur die Meer »-aftreklys. Wat is die verskil tussen Sholl-analise en 'n homonieme inprop wat deur die Ghosh-laboratorium in ? Die oorspronklike Sholl Analysis-inprop deur Tom Maddock weergawe 1.

Let daarop dat die inprop deurgaans tydelik Advanced Sholl Analysis genoem is. U kan die hele geskiedenis van die inprop op GitHub volg. Om hierdie rede moet die beeld in twee fases verdeel word: prieel en agtergrond. In weergawe 1. Hoekom is dit nou? Beeldsegmentering was nog altyd nodig. In sy vroeë implementerings het die program uitsluitlik met binêre beelde gehandel en die intensiteit in die middel van die analise gebruik om te besluit hoe om voorwerpe van agtergrond te skei.

Hierdie benadering was baie beperkend: dit het aanvaar dat die pixels wat die neuron verteenwoordig dieselfde konstante sou hê! intensiteit wat nie in die oorblywende agtergrond te vinde was nie. My beelde lyk nie so goed nie. Hoe kan ek hulle behandel voor ontleding? My bitmap-profiele verskil van dié wat verkry word deur nasporing van dieselfde selle.

Soos verskeie kere genoem, berus die kwaliteit van die ontleding op hoe die prieel gesegmenteer is. As jy met grysskaalbeelde werk, moet jy waarskynlik jou segmenteringsroetines optimaliseer.

Aan die ander kant, as jy reeds binêre beelde verkry het, maak seker dat jy dit behoorlik interpreteer. Jy moet ook bevestig dat eindradius nie voorwerpe in die beelddoek sny wat verder as die geanaliseerde prieel strek nie. As 'n duimreël, verwys altyd na die Sholl-masker om visueel te inspekteer watter dele van die beeld gemeet is. Neem asseblief kennis dat vanaf weergawe 3. jar Ontwikkeling bou? Begin die Updater, kies Gevorderde modus en Bekyk dan plaaslik gewysigde lêers onder Bekyk opsies.

jar uit die lys lêers. Die nuutste weergawe sal beskikbaar wees sodra jy op Pas veranderinge druk. Sien Installasie Gereelde Vrae vir meer besonderhede. Hierdie dokumentasie is nie so nuttig nie. Hoe lank moet ek wag totdat dit verbeter word? Ongeveer 20 sekondes. Dit is die tyd wat dit jou sal neem om 'n rekening op hierdie wiki te skep. Sodra jy een geskep het, sal jy self hierdie bladsy kan verbeter.

Die inprop kla oor 'n verkeerde beeldtipe. Dit is opsetlik: RGB-beelde is onbuigsaam en beelde van fluoressensie-gemerkte selle is tipies nie-RGB-beelde. Sien die ImageJ-gebruikersgids vir die volledige lys sleutelwysigers wat gebruik kan word tydens die skep van reguitlyn-ROI's. Met 3D- en 4D-beelde, hoe stel ek die Z-posisie en van die middel in? Die Z-posisie diepte van die sentrum van analise is die aktiewe Z-sny van die stapel.

Met multikanaal saamgestelde beelde definieer die aktiewe kanaal ook die C-posisie. Albei word in die Sholl-resultatetabel gerapporteer. Die prent wat jy probeer ontleed word nie plaaslik gestoor nie. Stoor dit in 'n plaaslike gids e. Die inprop is ontwerp vir die ontleding van 'n wye verskeidenheid arbors en dit is nie bevooroordeeld vir enige spesifieke seltipe nie. Die enigste manier om hierdie breë toepaslikheid te verseker, is om gebruikers volle beheer te gee oor die wiskundige tegnieke wat deur die inprop gebruik word om steekproefdata te ontleed.

Enkele selle kan nie van binne ImageJ verander word nie, maar pasgemaakte uitbreidings bv. xls of. ods sal toelaat dat die tabel deur ander sigbladtoepassings ingevoer word.

Om die grootte van plotte te verander, gebruik die Meer » aftreklys in die Opsies-dialoog. Die Sholl-masker sien voorbeeld van CA1 sel is bloot 'n illustrasie: 'n maksimum intensiteit projeksie van die geanaliseerde sel waarin kruisingstellings as pixel intensiteite gebruik word. Soos verduidelik in Uitsetopsies, kan die LUT daarvan gewysig word, en intensiteite kan gekalibreer word met ImageJ verstekopdragte. Soos genoem, kan dit ook gebruik word om visueel te inspekteer vir segmenteringsartefakte.

ImageStack laat die implementering van multidimensionele beelde toe, bv. met x , y , z , tyd , en kanaal asse. getTitle uitvoer beeld titel uitvoer beeld afmetings druk "Width x Height:", imp. getHeight Die IJ. getImage-opdrag haal die beeld uit die tans aktiewe beeldvenster in Fidji. Ons ken die teruggekeerde ImagePlus-voorwerp toe aan die veranderlike imp. Die ImagePlus-klas bied talle metodes waartoe toegang verkry kan word via die imp-objek-instansie, bv.

getTitle , imp. getWidth , imp. getHeight, ens. Die drukverklaring voer Strings en waardes in die Script Editors-konsolepaneel uit. Gaan na Taal en kies Python. Kopieer die skrif hierbo na die skrifredigeerder. Klik op die Run-knoppie. py by Di Jun 04 EDT Titel: blobs. gif Breedte x Hoogte: x Beeldafmetings Fidji en ImageJ kan multidimensionele beelde hanteer, bv.

getBytesPerPixel grepe per pixel daar is 8 bisse in 'n greep Beeldkalibrasie Baie beeldformate laat insluiting van beeldaantekeninge metadata toe bykomend tot die pixeldata. setCalibration calibration Skep 'n nuwe beeld Nuwe beelde kan geskep word deur 'n ImagePlus-objek te inisialiseer met 'n ImageProcessor-objekinstansie.

wys Hierdie skrif skep vier nuwe beelde, elk met x pixels, maar met verskillende pixel-enkoderings. Pixel-kodering 8-bis, bis, bis, RGB. Geheue voetspoor in kilogrepe 20K, 39K, 78K, 78K. Duplisering van 'n prent Die Duplicator-klas bied 'n gerieflike manier om 'n presiese kopie van 'n bestaande ImagePlus-voorwerp te skep.

van ij invoer IJ van ij. setTitle "Perfekte kopie" Maak beeldlêers oop en stoor Maak beelde oop Fidji kan baie verskillende beeldlêerformate lees. oop interaktiewe dialoog IJ. openImage nie-interaktief, met behulp van verstek beeld vertoon loci.

ImageReader nie-interaktiewe, konfigureerbare beeldvertoning Save Images Fidji kan ook beeldlêers in verskeie algemene formate stoor, insluitend TIF, OME-TIF, BMP, PNG, JPEG, AVI, ens. FileSaver interaktiewe dialoog IJ. stoor As nie-interaktiewe, eenvoudige beeldskrywer TIF, JPEG, GIF, PNG, ens. ImageWriter nie-interaktief, gevorderd met baie formate Interaktiewe beeld oopmaak en stoor met dialoog vanaf ij invoer IJ vanaf ij.

getImage imp. setTitle "kopie. save kan ook fs gebruik. saveAsTiff , fs. saveAsPng, ens. openImage lêerbron imp. sluit aan by homedir, "workshop", "images" volledige dir pad druk outputdir indien nie pad nie. isdir uitvoerdir: os. makedirs outputdir Stoor lêer as. sluit aan by outputdir, "blobs-copy. tif" IJ. saveAs imp, "tiff", uitvoerlêer druk "Gestoorde lêer:", uitvoerlêer Kontroleer die uitvoer in die konsole-venster. As jy nie jou gestoorde lêer kan vind nie, probeer dit: Klik op die blobs-copy. Bekyk padinskrywing in Info vir blobs-copy.

tif venster. hardloop Die IJ. Basiese sintaksis: IJ. run image, command, option image : verwysing na ImagePlus objek opdrag : String opsie : String, in sommige gevalle net "" leë String Die Makro Recorder is 'n uitstekende hulpmiddel om 'n funksie wat toeganklik is via die Fidji-kieslys om te skakel na 'n IJ. Rekord Maak seker dat die Makro Recorder-venster oop is. Kies en verwyder enige kode in die Opnemer-venster. Klik OK. tif as lêernaam en klik op Stoor. Klik op Skep in die Opnemer-venster.

Dit behoort die Script Editor-venster te laat verskyn met 'n nuwe script-lêer wat die kode bevat wat vanaf die Recorder gekopieer is. openBeeld …. Skakel oor na Jython-skrif In die Skripredakteur, gaan na Taal en kies Python. Voeg 'n from ij import IJ-stelling bo-aan die skrif in.

gif" IJ. run imp, "Gaussian Blur Maak alle beeldvensters toe. Begin die skrif. tif-lêer. Hierdie beeld het die volgende afmetings: 2 kanale 5 fokusvlakke snye, Z 51 tydpunte rame Die multi-dimensionele beeld wat deur 'n ImagePlus objek imp bevat 'n ImageStack voorwerp om die verskillende beeldvlakke te bestuur.

getProcessor-indeks Omgekeerd kan ons 'n ImageProcessor vervang in 'n ImageStack waarna verwys word deur die stapelveranderlike soos so: stapel. Streke-van-belang ROI's ROI's definieer groepe pixels in 'n prent. 'n ROI kan gebruik word om: Pikselwaardes te meet Verander pixelwaardes Merk beeldstreke in nie-vernietigende oorleggings sonder om pixelwaardes te verander ROI Tipes klasse : Roi Line OvalRoi PolygonRoi ShapeRoi TextRoi ImageRoi ROI's kan direk of deur die RoiManager-klas bestuur word.

gui invoer Roi van ij invoer IJ van ij. setRoi roi IJ. show Begin die script in die Script Editor. Vul ROI met 'n Gegewe waarde van ij import IJ, ImagePlus van ij. verwerk invoer FloatProcessor vanaf skikking voer nulle in vanaf ewekansige invoer ewekansige vanaf ij. stelRoi roi fp. stelwaarde 2. vul Vul 'n ovaal area van belang met 'n waarde van setRoi oroi fp.

setValue vul oroi. getMask Aandag! Vereis vir nie-reghoekige ROI's imp. wys Veranderende ROI-eienskappe Die voorkoms van 'n ROI-objek ROI kan verander word. Randkleur van Java. awt invoer Kleur roi. stelStrokeColor Color. ROOI Rand Breedte roi. stelStrokeWidth 2. stelFillColor Color. GEEL Stel ROI-posisie Die posisionering van 'n ROI-objek ROI kan gestel word vir 'n spesifieke kanaal, sny, raam in 'n gegewe beeldimp met multidimensionele ImageStack.

getStackIndex channelNo, sliceNo, frameNo roi. setPosition-indeks Let wel: As indeks 0 verstek is, is die Roi van toepassing op alle beeldvlakke in die stapel.

Verwyder enige kode. Klik OK. Klik Toepas. Omskep die Makro-opnames in 'n Python-skrip, onthou om die volgende in die Skripredigeerder te doen: In die Skripredigeerder, gaan na Taal en kies Python. Voeg 'n invoerstelling boaan die skrif in Verwyder kommapunte; aan die einde van die reëls. run imp, "Median run imp, "Options setAutoThreshold imp, "Default" IJ.

run imp, "Skakel na masker", "" IJ. run imp, "Waterskeiding", "" IJ. hardloop imp, "Stel metings hardloop imp, "Analiseer deeltjies py , en voer die skrif uit. Jy behoort die volgende resultatetabelle te sien. Gebruik van die RoiManager-klas in skrifte: Kry verwysing na stelsel verstek instansie van ij. getRoi-indeks Verwyder alle ROI's rm. addRoi roi Begin bewerking op ROI: kombineer, kies, stoor, maak oop, ens.

Algemene stellings: Definieer metingsopsies: bitsgewys OF kombinasie van konstantes vanaf ij. GEMEEN IS. AREA IS. wys "My resultate" geslaag argument word tabel titel Kry aantal tabel rye rt. getColumnIndex "Area" rt. addValue "Area", deleteKolom "Area" Vee ry vir ry indeks rt uit. Skripparameters is 'n kenmerk van ImageJ2; hulle sal in Fidji werk, maar sal nie in gewone ImageJ1 werk nie.

Basiese sintaksis: Parameterverklarings begin met. Elke so 'n reël bevat 'n enkele parameterverklaring of script-aanwysing en niks anders nie. Tipe variableName sal 'n invoer van die aangeduide tipe verklaar, toegewys aan die gespesifiseerde naam. Die gebruik van 'n spasie tussen en Tipe word aangemoedig, maar nie vereis nie. output Type outputName sal die veranderlike van die gespesifiseerde naam verklaar as 'n uitvoerparameter met die gegewe tipe.

Die Tipe-parameter is opsioneel, aangesien die afvoer as 'n objek as verstek behandel sal word. Vir die afvoerriglyn en ander skrifaanwysings word geen spasie tussen en die aanwysing toegelaat nie.

Bondelverwerking van beeldlêers Ons wil dikwels dieselfde beeldverwerkingsmetode op 'n stel beelde toepas. Dit is gerieflik om sulke beeldlêers in 'n enkele gids of groep gidse te organiseer. openImage f IJ. verdeel". sluit aan by outputdir, titel IJ. isdir inputdir : druk inputdir, " is bestaan ​​nie of is nie 'n gids nie. py Daar is twee installasie-opsies: Opsie A Handmatige proses: Kopieer die script na die plugins-gids in jou Fidji-installasieboom.

Jy kan 'n subgids skep in plugins e. In die eerste opspringdialoog blaai na en kies die skrif. Klik Open. In die tweede dialoogvenster, kies die plugins-gids of 'n subgids binne plugins waar die script geïnstalleer moet word. Klik Stoor. Nadat u die skrip as inprop geïnstalleer het, herbegin Fidji. py is geïnstalleer as Basic Crop Exercises Beginner Projek 1: Verander die Get Current Image-voorbeeldskrip om die aantal kanale, aantal fokusvlakke z en aantal tydpunte te druk.

Voeg die kanale weer saam as saamgestelde beeld, maar ruil die rooi en groen kanaal om. hardloop Intermediêre Projek 5: Verander die gewas-ROI-voorbeeldskrip sodat dit veelvuldige gesnyde beelde van verskillende groottes in 'n kodelus skep. Wenk: Vir lusse Projek 6: Verander die verwerkingsfunksie in bondelverwerking voorbeeldskrif om die gebruiker te vra vir sigmawaarde om deur die Gaussiese filter gebruik te word.

plugin invoer Duplicator van ij. raam invoer RoiManager van ij. meet invoer Resultatetabel van ij. gif" oorspronklike. hardloop oorspronklike imp.

setTitle "Mask" hernoem die kopie IJ. hardloop imp, "Waterskeiding", "" breek partikelklonte IJ. getStatistics opsies meet rt. incrementCounter vooraf ry teller voeg waardes by verskeie kolomme rt. addValue "Etiket", oorspronklik. kryTitel rt. addValue "Gemiddeld", statistieke. beteken rt. addValue "Area", statistieke. area rt. addValue "Centroid X", statistieke. xCentroid rt.

addValue "Centroid Y", statistieke. yCentroid wys pasgemaakte tabel rt. wys "Blob Results" stoor inhoud van ResultsTable voorwerp as. sluit aan by outputdir, "blobs. csv" druk "Resultaatlêer:", resultatelêer rt. sluit aan by outputdir, "blobs-rois. zip" rm. ontkies verseker dat alle ROI's eerder as geselekteerde gestoor word rm. runCommand "Save", roifile Expert Project 8: Verander die verwerkingsfunksie in bondelverwerking voorbeeld script om 'n mediaan filter toe te pas op 'n sirkelvormige ROI in die middel van die prent.

Stoor elke onttrekte beeldvlak as 'n aparte. tif-beeldlêer in 'n aangewese gids. Die pixelgrootte-kalibrasie van die oorspronklike prent moet in elke gestoorde prentvlak behou word.

aansluit pad.